Необходимо отметить, что современная судебная практика соответствует логике решений Конституционного суда РФ.
Продавец на спецрежиме
В тех случаях, когда предприниматель использует ЕНВД, он в соответствии со ст. 168 Налогового кодекса РФ, не выделяет на ярлыках и ценниках сумму налога. В то же время, выдавая покупателю кассовый чек, такой продавец фактически выставляет счёт-фактуру с выделенной суммой НДС.
Рассматривая подобные ситуации, Конституционный суд РФ пришёл к выводу (см. постановление от 03.06.14 № 17-П), что компания, отказавшаяся от преимуществ, которые даются ей налоговым спецрежимом, обязана начислить НДС, независимо от того, выделяется ли его сумма в тех или иных документах или нет.
Что касается ситуаций с перечислением НДС продавцу, который работает на УСН, то Конституционный суд РФ однозначно становится на сторону покупателя. При этом суд ссылается на п. 5 ст. 173 Налогового кодекса РФ. Но в то же время продавцы-упрощенцы не обязаны оформлять счета-фактуры. Значит, покупатель не имеет на этом основании принимать НДС к вычету (помните, мы говорили о юридическом факте?). Такое мнение неоднократно высказывалось Минфином России, но судебная практика, несмотря на точку зрения финансового ведомства, как правило, становится на сторону налогоплателыцика-покупателя. По крайней мере, когда речь идёт о продавцах, работающих на ЕНВД, УСН и ЕСХН.
Наконец, рассмотрим ситуацию, когда операция, выступающая предметом сделки, вообще не признаётся объектом обложения НДС. Их перечень приводится в ст. 146 Налогового кодекса РФ. Если в такой ситуации продавец выставил вам счёт-фактуру, в которой выделена сумма налога, вы имеете полное право принять НДС к вычету. Но для этого необходимо обезопасить себя: в вашу пользу сработает то обстоятельство, что сам факт выставления счёта-фактуры не является основанием для того, чтобы отменить ваше право на вычет. Вы только должны при этом соблюсти требования, указанные в ст. ст. 169, 171, 172 Налогового кодекса РФ.
И, конечно, необходимо исключить возникновение у проверяющих органов даже тени подозрения о том, что целью ваших действий является получение пресловутой необоснованной выгоды (о чём я говорил выше).